Competencias a lograr por el alumno:
1. Aprender a extraer ácido nucléico de bacterias causantes de enfermedades infecciosas.
2. Conocer y saber realizar algunas técnicas de detección y análisis de ADN bacteriano.
3. Plantear posibles aplicaciones de las técnicas aprendidas a la investigación en microbiología.

Metodología:
El curso consta de tres partes: 9 temas teóricos, 6 técnicas de laboratorio y 10 casos de aplicación a diferentes aspectos de la microbiología. La sección de fundamentos teóricos es previa al bloque práctico y, según el nivel de partida, consta de 4 ó de 9 temas preparados para el autoaprendizaje.  La lectura de los artículos de investigación se plantea de forma simultánea al trabajo práctico de laboratorio y es precisa para que el alumno reflexione sobre la aplicación de las técnicas a la investigación actual en microbiología.

Evaluación:
Para evaluar los fundamentos teóricos se establece un primer nivel con cinco temas básicos y sus correspondientes ejercicios. Si los alumnos superan el 70% en el test de nivel básico pasan directamente a estudiar los 4 temas específicos que les permitirán entender y contextualizar las técnicas. También en este caso dispondrán de ejercicios por temas y de un test de autoevaluación del nivel específico en el que deben superar el 70% de las preguntas. Seguidamente el alumno elige la o las técnicas que desea realizar y tras preparar la infraestructura y materiales precisos sigue el protocolo ayudado por el video de la técnica. Cuenta con una guía de problemas frecuentes y posibles soluciones para aprender de los errores y ajustar el protocolo a su contexto. Debe repetir la técnica hasta obtener resultados fiables.  Tras leer los artículos de investigación propuestos, el alumno termina el curso con la formulación de un hipotético proyecto de investigación basado en el empleo de la técnica elegida y relativo a cualquier campo de la microbiología.

Temario
1ª parte: Fundamentos teóricos.

Materiales de estudio: resúmenes de los temas, ejercicios de autoaprendizaje y test de nivel .
A. Nivel básico:
Tema 1: Estructura de las bacterias patógenas.

Tema 2: Genética bacteriana.

Tema 3: Bases genéticas de la resistencia a los antimicrobianos.

Tema 4: Patogenia bacteriana.

Tema 5: La infección hospitalaria: herramientas para su control.

B. Nivel específico:
Tema 6. Epidemiología y control de las infecciones por bacilos gramnegativos (no fermentadores)
Tema 7. Epidemiología y control de infecciones emergentes por Acinetobacter baumannii
Tema 8: Elementos genéticos transferibles: plásmidos, transposones e integrones.
Tema 9: Técnicas moleculares de detección de patógenos y de sus factores de virulencia.

2ª parte: Técnicas moleculares.

Materiales de estudio:

Protocolos de laboratorio (imágnes y fotografías de resultados) y videos de cada técnica 1. técnica: Obtención de ADN de  bacterias patógenas.
2. técnica: Visualización del ADN bacteriano mediante electroforesis en gel de agarosa.
3. técnica: Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) aplicada a la detección de genes de virulencia bacterianos.
4. técnica: Electroforesis en Campos Pulsados (PFGE)  aplicada al tipado genético de bacterias patógenas.
5. técnica: Hibridación con sondas de ADN marcadas mediante Southern transfer.

6. técnica: Bases de datos, herramientas y sitios web relacionados con la secuenciación de genes y análisis de secuencias

Guía sobre problemas habituales y su solución.

3ª parte: Aplicaciones a la investigación.

Materiales de estudio: publicaciones científicas completas realizadas por el grupo docente en las que se emplean las técnicas estudiadas. Referencias bibliográficas actuales y links de artículos de investigación relacionados.
1. Caso: The evolution of multi-drug-resistant A.baumannii isolates obtained from elderly patients with respiratory tract infections. J.ANTIMICROB.CHEMOTHER;57:2. 2006.
2. Caso: Resistance to antibiotics in clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa.PATHOL.BIOL;54: 493-497. 2006.
3. Caso: Long term dissemination of an OXA-40 carbapenemase-producing Acinetobacter baumannii clone in Iberiar peninsula. J. ANTIMICROB. CHEMOTHER; 54 no. 1:255 ? 257. 2004.
4. Caso: Comparative evaluation of three commercial software packages for analysis of DNA polymorphism patterns. CLINIC. MICROBIOL. INFEC; 7: 331-336. 2001.
5. Caso: Carriage of class 1 integrons and antibiotic resistance in clinical isolates of Acinetobacter baumannii from northern Spain. J. MED. MICROBIOL.; 50:71-77. 2001.